Nous sommes en l'an 2035. Les quelques milliers d'habitants qui restent sur notre planète sont contraints de vivre sous terre. La surface du globe est devenue inhabitable à la suite d'un virus ayant décimé 99% de la population. Les survivants mettent tous leurs espoirs dans un voyage à travers le temps pour découvrir les causes de la catastrophe et la prévenir. C'est James Cole, hanté depuis des années par une image incompréhensible, qui est désigné pour cette mission.
Emma Brody, aveugle depuis l'enfance et qu'une opération rend à la lumière, découvre un monde déroutant aux contours flous et incertains. Elle entend une nuit des bruits suspects chez sa voisine, Nathalie. La police découvre le lendemain la jeune femme violée et assassinée selon un rituel précis qui, selon toute apparence, est la deuxième victime d'un tueur en série.